A divulgação das atrocidades de Mengele levou à criação de um mito popular em volta da sua figura semi-lendária. Várias representações ficcionais de Mengele surgiram desde a Segunda Guerra Mundial.
Uma famosa versão literária ficcional de Mengele foi criada por Ira Levin, em seu livro Os meninos do Brasil (The Boys from Brazil), em que o médico consegue clonar Adolf Hitler. Em 1978, foi lançado o filme baseado no livro com Gregory Peck como Mengele.
Mengele foi base para uma série de médicos nazistas imaginários. Entre eles o Dr. Khristian Szell (Laurence Olivier) do filme Maratona da morte (Marathon Man, 1976), também um livro de William Goldman. Há vários personagens baseados em Mengele nos quadrinhos e obras populares infanto-juvenis, e é a provável inspiração para o Doctor Schabbs, personagem do jogo de computador Wolfenstein 3D, um cientista louco que criava zumbis.
Mais recentemente, o personagem Dr. Arden vivido pelo ator James Cromwell,na segunda temporada da série American Horror Story,também pode ter sido baseado na vida de Mengele.
Também serviu como base à personagem Dieter Vogel (interpretada pelo Dinamarquês Jesper Christensen) no filme A Dívida(2010) de John Madden. Neste filme a personagem tem um fim muito semelhante à de muitos lideres nazis(Como por exemplo Adolf Eichmann), tendo sido capturado por uma força especial da Mossad, com o intuito de o julgar em Israel, mas diferente do fim de Mengele.
Foi tema da música "Angel of Death" da banda de Thrash Metal Slayer lançada no Cd Reign in Blood em 1986. Mais recentemente, foi tema da música "Carbonized" da banda de Death Metal Impiety lançada em 2004 no Cd Paramount Evil e também da banda brasileira Dorsal Atlântica com a faixa "Joseph Mengele".
Algumas de suas experiências envolvendo judeus anões, foram tema do espetáculo de teatro A-5087, de Ronaldo Ventura.
Foto: Dr. Arden vivido pelo ator James Cromwell - série American Horror Story (Divulgação)
